본관은 함열(咸悅). 자는 치만(致萬), 호는 한서(翰西). 서울 출신. 아버지는 도사(都事) 남궁영(南宮泳)이다.
1884년(고종 21) 영어학교인 동문학(同文學)을 수료하고 해관(海關)의 견습생으로 있다가, 1886년(고종 23) 내아문(內衙門) 부주사(副主事)가 되었다. 1887년 전권대신 조민희(趙民熙)의 수행서기관으로 영국 · 러시아 · 독일 순방길에 올라 홍콩까지 갔으나, 청나라의 간섭과 방해로 2년간 홍콩에서 머물다가 소환되어 돌아왔다.

1889년 궁내부(宮內府)별군직(別軍職)을 거쳐, 1893년 칠곡군수를 지냈다. 1894년 갑오개혁 내각에 내부 토목국장으로 중용되어 서울 종로와 정동 일대 및 육조 앞과 남대문 사이의 도로를 정비하고 파고다공원을 세웠다.

1896년 2월 아관파천 후에 관직을 사임하고, 그 해 7월 서재필(徐載弼) · 이상재(李商在) 등과 독립협회를 창립, 중앙위원 · 서기 · 사법위원 · 평의원 등에 선출되는 등 고위급 지도자로 활동하였다. 독립협회 기관지인 『대조선독립협회회보(大朝鮮獨立協會會報)』의 발행에도 참가하였다.
1898년 9월 나수연(羅壽淵) · 유근(柳瑾) 등과 『황성신문(皇城新聞)』을 창간하고 사장에 취임, 국민 계몽과 독립협회 활동을 지원하는 데 힘을 쏟았다. 대한제국의 정치체제를 전제군주제에서 입헌군주제로 개혁, 의회를 설립하고 대대적 개혁을 단행하려는 독립협회운동 지도자로 활동하다, 1898년 11월 17명의 지도자와 함께 붙잡혔다.
독립협회가 해산당한 뒤인 1900년 7월 『황성신문』에 러시아와 일본의 한국분할설을 외국 신문에서 옮겨 실어, 러시아와 일본의 한국 침략 야욕을 폭로하고 경각심을 촉구하는 논평을 실었다가 경무청에 구금되었다. 1902년 5월에도 『황성신문』에 일본이 1894년 동학농민운동 이래 우리나라를 침략해 들어오면서 러시아와 맺은 러 · 일협정의 침략적 성격을 논박한 사설을 실었다. 이 사건으로 총무 나수연과 함께 다시 경무청에 구속되어 심한 고문을 받고 4개월 만에 석방되었다.
1903년 영관(領官)을 지낸 유동근(柳東根)이 『황성신문』 사장 남궁억과 총무 나수연이 일본으로 망명한 박영효(朴泳孝) 등과 공모, 의병을 일으키기로 하였다고 모함하였다. 이 때문에 다시 경무청에 구속되었으나, 진상이 밝혀져 4개월 뒤에 석방되었다. 출옥한 뒤 황성신문 사장직을 사임하였다. 1905년 3월 고종의 간곡한 요구로 다시 관직을 맡아 성주목사로 부임해 선정을 베풀었다. 그러나 그 해 11월 일본이 강제로 을사조약을 체결하고 국권을 박탈하자 통분을 참지 못하고 사임한 뒤 귀경하였다. 1906년 2월 다시 양양군수에 임명되자 애국계몽운동에 참가하여, 1907년 7월 양양의 동헌 뒷산에 현산학교(峴山學校)를 설립하고 구국교육을 실시하였다.
1907년 일본이 헤이그특사사건을 구실삼아 고종을 강제 양위시키고 정미칠조약을 체결, 침략정책을 강화하자 관직을 사임하고 상경하였다. 1907년 11월 권동진(權東鎭) · 여병현(呂炳鉉) · 유근 · 이우영(李宇榮) · 오세창(吳世昌) · 윤효정(尹孝定) · 장지연(張志淵) · 정운복(鄭雲復) · 홍필주(洪弼周) 등과 대한협회(大韓協會)를 창립하고 회장으로 취임, 애국계몽운동을 전개하였다. 기관지로 『대한협회월보』와 『대한민보』를 발행하였다.
1908년 4월 강원도 지방의 애국계몽운동단체로 관동학회(關東學會)를 창립해 회장으로 활동하며, 교육구국운동 잡지로서 『교육월보』를 발행하였다. 1910년 8월 일본이 우리나라를 병탄하자 새세대 교육현장에 뛰어들어야 한다고 생각, 그 해 10월 배화학당(培花學堂) 교사가 되었다. 1912년에는 상동청년학원(尙洞靑年學院) 원장을 겸하면서 독립사상 고취, 애국가사 보급, 한글서체 창안 및 보급에 힘썼다.
1918년 건강이 악화되어 친지들의 권고에 따라 선조의 고향인 강원도 홍천군 서면 보리울[牟谷]로 낙향하였다. 1919년 9월 모곡학교(牟谷學校)를 설립한 뒤 학교 안에 무궁화 묘포를 만들어 나라꽃인 무궁화를 전국에 보급하기 위해 노력하였다. 또한, 애국적 찬송가를 만들어 전국의 교회와 기독교계 학교들에 보급하였다. 1933년 11월 기독교 계열 독립운동 비밀결사인 십자당(十字黨)을 조직, 활동하다 일본 경찰에 붙잡혀 8개월간 투옥되었다. 노령이 참작되어 석방되었으나 일본 경찰로부터 받은 잔혹한 고문의 여독으로 사망하였다.
『동사략(東史略)』과 『조선이야기』 등의 저서를 남겼다.
1977년에 건국훈장 독립장이 추서되었다.

출처/한국민족문화대백과, 한국학중앙연구원